学位論文要旨



No 114632
著者(漢字) 山口,裕孝
著者(英字)
著者(カナ) ヤマグチ,ヒロタカ
標題(和) 大腸菌における非相同的組換え機構の解析 : エキソヌクレアーゼによる組換えの促進と抑制
標題(洋)
報告番号 114632
報告番号 甲14632
学位授与日 1999.03.29
学位種別 課程博士
学位種類 博士(薬学)
学位記番号 博薬第893号
研究科 薬学系研究科
専攻
論文審査委員 主査: 東京大学 教授 池田,日出男
 東京大学 教授 名取,俊二
 東京大学 教授 佐藤,能雅
 東京大学 教授 野本,明男
 東京大学 助教授 余郷,嘉明
内容要旨

 ある種の遺伝性疾患では、染色体の不安定化により欠失、置換、逆位、転座等の異常を引き起こし、好発癌性を示すことが知られている。これらの染色体異常の多くは、DNA間に相同性が見られないことから、非相同的組換えによるものと考えられている。近年、染色体構造の不安定性を示すブルーム症候群において、その原因遺伝子のホモログである大腸菌recQ、酵母SGS1が非相同的組換えに関与することが報告され注目されている。非相同的組換えの機構を解明することにより、染色体の不安定化のメカニズムを明らかにすることができるものと期待される。今回、非相同的組換えを高感度に検出できる系を開発し、それを用い非相同的組換えに関わる因子の探索を行った。

[結果と考察]1.非相同的組換えを検出する新規の系の開発

 mini-Fプラスミド上にストレプトマイシン耐性遺伝子rpsLとラクトースオペロン抑制遺伝子lacIをクローニングした。このプラスミドを導入した大腸菌は、プラスミドDNAにrpsL、lacI両遺伝子にまたがる欠失変異が生じると、ストレプトマイシン、X-galを含む寒天培地上に青いコロニーを形成する(図1)。rpsL遺伝子上に生じる点突然変異または数塩基程度の短い欠失変異の場合は、白いコロニーを形成するので容易に判別することができる。mini-Fプラスミドは細胞中に1〜2コピーと非常に少ないので、1つのプラスミド上の変異がそのまま細胞の表現型となって現れ、多コピープラスミドを用いた系よりも、変異を検出する感度がすぐれている。青いコロニーから回収したmini-Fプラスミドの構造を調べたところ、rpsL、lacI両遺伝子にまたがる欠失変異であることが確認され、変異部位には1〜10bpの短い相同性が見られた。よって今回開発した系で検出した欠失変異は、非相同的組換え機構によって生じているものと考えられる。この青いコロニーの出現頻度を測定することにより、非相同的組換えの頻度を測ることができる。この系を利用し、大腸菌のさまざまな変異株における組換え頻度の測定を行った。

図1) mini-Fプラスミドの構造
2.非相同的組換えにおけるRecA,RecBCD(エキソヌクレアーゼV)蛋白質の非依存性

 相同的組換えにおいて主要な働きをするRecA蛋白質、エキソヌクレアーゼVの非相同的組換えに対する影響を調べるために、それぞれの変異株recA、recBrecC株を用いてアッセイを行った。recA、recBrecC変異株ともに野生株の組換え頻度と比べて変化が見られなかった。このことから、今回検出した非相同的組換えの機構は、相同的組換えの機構とは大きく異り、RecA及びRecBCD蛋白質が依存しないことが明らかになった。

3.エキソヌクレアーゼIによる非相同的組換えの抑制

 sbcB遺伝子産物である大腸菌エキソヌクレアーゼIは、一本鎖DNAを3末端から5末端方向へ削る活性を有する。この遺伝子の欠損したsbcB変異株において組換え頻度を測定したところ、野生株と比べて約16倍上昇することが分かった(図2)。この変異株にsbcB遺伝子をクローニングしたエキソヌクレアーゼ活性を持つ多コピープラスミドを導入したところ、組換え頻度が元の野生株の頻度まで減少した。エキソヌクレアーゼ活性のない変異sbcB遺伝子(xonA2,xonA6)の多コピープラスミドを導入した場合は、組換え頻度に変化が見られなかった。エキソヌクレアーゼ活性が正常の約3分の1である変異sbcB遺伝子(xonA8)、正常の約10分の1である変異sbcB遺伝子(sbcB15)を導入したところ、組換え頻度の減少の割合いがエキソヌクレアーゼ活性に比例して低下した。このことからsbcB遺伝子産物であるエキソヌクレアーゼIのエキソヌクレアーゼ活性が組換えに抑制的に働いていると考えられる。つまり、エキソヌクレアーゼIの基質となり得る3末端側に一本鎖DNAが突出したDNA構造が、組換えの反応の起こりやすい基質であり、エキソヌクレアーゼIは一本鎖DNAを消化することのよって、非相同的組換えを抑制していると考えられる。

図2) sbcB(エキソI)変異株における非相同的組換え頻度
4.エキソヌクレアーゼVIIIによる非相同的組換えの促進

 次にrecBrecCsbcA変異株において組換え頻度を測定したところ、野生株に比べて約18倍上昇した(図3)。この変異株では大腸菌染色体中に存在するプロファージの遺伝子recEがsbcA変異によって活性化され、recE遺伝子産物であるエキソヌクレアーゼVIIIが発現している。recBrecC両遺伝子のみの変異では野生株と比べて組換え頻度に差が見られなかったことから、recBrecC変異はこの組換えに関与していないものと考えられる。さらにrecBrecCsbcArecE変異株では組換え頻度がrecBrecCsbcA変異株と比べて減少した。この株にエキソヌクレアーゼVIIIのエキソヌクレアーゼ活性を有する多コピープラスミドを導入すると、組換え頻度がrecBrecCsbcA変異株の頻度まで回復した。さらに、野生株にこのプラスミドを導入したところ、組換え頻度が約19倍上昇した。このことから、recE遺伝子産物であるエキソヌクレアーゼVIIIが、組換えに促進的に関与していることが明らかとなった。エキソヌクレアーゼVIIIは2本鎖DNAを基質として5末端から3末端方向へ、片方のDNA鎖を削る活性を持つ。この酵素が働いた結果、3末端側に一本鎖DNA部分を持つ二本鎖DNAが生成し、反応の基質となっていると考えられる(図4A)。

図3) sbcA(エキソVIII)変異株における非相同的組換え頻度とエキソIによる抑圧効果
5.エキソヌクレアーゼI過剰発現によるsbcA変異(recE活性化)の抑圧

 エキソヌクレアーゼVIIIが働いた結果生じるDNA反応中間体は、DNA3末端部分が一本鎖DNAとなった構造をしている(図4A)と考えられるため、エキソヌクレアーゼIの基質となるものと予想される。そこで、この組換え頻度の上昇した変異株(recBrecCsbcA)にsbcB遺伝子の発現したエキソヌクレアーゼI活性を有する多コピープラスミドを導入し、組換え頻度を測定した。図3で示すように頻度は野生株のレベルまで抑制した。エキソヌクレアーゼI活性が見られない変異sbcB遺伝子(xonA2、xonA6)を導入した場合は、組換え頻度の抑圧効果は見られなかった。これらの現象は、エキソヌクレアーゼVIIIが働いた結果生じる組換え反応に富む反応中間体の、一本鎖DNA末端部分が、エキソヌクレアーゼIによって削られ短くなった、もしくは平滑な末端となったため、組換え反応が低下したものとして説明できる(図4B)。以上の結果は、エキソヌクレアーゼVIIIによる非相同的組換えの促進効果が、「一本鎖DNA末端部分をもつ反応中間体(図4A)」の生成によるものであることを示唆すると同時に、エキソヌクレアーゼIによる非相同的組換えの抑圧効果が、この「一本鎖DNA末端部分をもつ反応中間体」の生成を抑えることによるものであることを示唆するものである。

図4) DNA二重鎖切断後のプロセシングモデル
6.Sbc(C)D蛋白質による非相同的組換えの促進

 次にsbcD変異株において組換え頻度を測定したところ、野生株と比べて約3分の1に減少した。さらに、sbcB変異との二重変異株では、sbcB変異によって上昇した組換え頻度が、野生株の約3倍にまで減少した(図5)。

図5) sbcD変異株における非相同的組換え頻度

 また、今回アッセイに用いたプラスミドのlacI遺伝子上に、約160bpから成るパリンドロームが存在し、図6のようなクルシフォーム構造を形成することが予想された。野生株及びsbcB変異株における組換え体の組換え部位は、このパリンドローム上に見られたが、sbcBsbcD変異株ではこのような組換え体はほとんど見られなかった。

図6) パリンドローム上に存在する組換え部位

 sbcD遺伝子産物であるSbcD蛋白質はsbcC遺伝子産物のSbcC蛋白質と複合体を形成し、二本鎖DNAエキソヌクレアーゼ活性そして一本鎖DNAエンドヌクレアーゼ活性を持つことが知られており、sbcD変異によりこの複合体の活性は失われると考えられている。SbcC(D)蛋白質は染色体構造の維持に関わる蛋白質群SMC(sructural maintenance of chromosomes)ファミリーに属し、DNAの複製時に障害となるDNAヘアピン構造の解消に寄与している。今回の実験から、SbcCD複合体が非相同的組換えを促進すること、さらにSbcCD蛋白質の非相同的組換えの促進にパリンドロームが深く関与していることが示唆された。

 以上の結果から非相同的組換えの機構として次のようなモデルを提唱したい(図7)。まずパリンドロームによって形成されるクルシフォームにSbcCD蛋白質が働いてDNAに切断を入れる。生じた二重鎖DNA末端にエキソヌクレアーゼVIIIが働き、片方の鎖を削り3’が突出した一本鎖DNAが生成する。このDNA構造は非常に非相同的組換え反応に富んでおり、最終的に組換え体が形成される。エキソヌクレアーゼIは3’突出一本鎖DNA部分を削ることにより、非相同的組換えを抑制する。

図7) 非相同的組換え機構のモデル
[まとめ]

 1.非相同的組換えを検出できる高感度な系を開発した。

 2.エキソヌクレアーゼI(SbcB)が非相同的組換えを抑制する。

 3.エキソヌクレアーゼVIII(RecE)が非相同的組換えを促進する。

 4.エキソヌクレアーゼIがsbcA変異(RecE活性化)による非相同的組換えの上昇を抑圧する。

 5.Sbc(C)D蛋白質がDNAパリンドロームに働いて非相同的組換えを促進する。

 今回の実験からエキソヌクレアーゼが染色体の安定の維持に深く関わっている可能性が考えられる。最近、SbcC,SbcD蛋白質のヒトのホモログであるhRad50,hMre11蛋白質が、染色体不安定性を示し高発癌を伴う遺伝性疾患であるナイミーヘン症候群の原因蛋白質Nibrinと複合体を形成し、その複合体はエキソヌクレアーゼ活性を有することが報告された。この疾患とエキソヌクレアーゼとの関連については現在のところ不明であるが、今回開発した系を用いることにより今後、染色体異常を伴う非相同的組換えの機構に関するさらなる知見が得られるものと期待できる。

審査要旨

 ヒトの染色体の不安定化を伴う遺伝性疾患としてブルーム症候群、ウェルナー症候群、ナイミーヘン症候群等が知られており、これらの染色体不安定化はときとして非相同的組換えによって引き起こされる。非相同的組換えとは、相同性がない、もしくは短い相同性しか有しないDNA間で起こる組換えのことであり、その結果DNAの欠失、挿入、染色体の転座といった現象を引き起こし、このため、さまざまな疾患をもたらす。非相同的組換えの機構についてはまだ不明な点が多く、この機構を解明することで、ヒトの染色体の不安定化のメカニズムを明らかにすることができるものと期待できる。本研究では、遺伝学的知見も豊富でかつ、扱いも簡便な大腸菌を用いて、非相同的組換え機構の解析を行った。

 まず、非相同的組換えを定性的かつ、定量的に検出できる系を開発した。mini-Fプラスミド上の欠失変異を薬剤耐性の青いコロニーとして検出することができ、このとき回収したプラスミドの構造の解析から、組換え部位にはほとんど相同性が見られなかった。よって、今回の系で検出した欠失は非相同的組換えによって引き起こされていることが確認された。そこで、非相同的組換えに関わる因子を明らかにするために、さまざまな変異株を用いアッセイを行い、以下のことを明らかにした。

 第一に、sbcB変異株で組換え頻度が上昇することを見出した。sbcB遺伝子産物は3’-5’一本鎖DNAエキソヌクレアーゼであり、このエキソヌクレアーゼが、非相同的組換えを抑制することを示した。

 第二に、5’-3’二重鎖DNAエキソヌクレアーゼを発現させる変異(sbcA)により、組換え頻度が上昇することを見出した。このことから、3’末端側の一本鎖DNAが突出したDNA構造は、非常に非相同的組換え反応が起こりやすいことが示唆された。

 第三に、sbcA変異により上昇した組換え頻度が、SbcB蛋白質の供給により、抑制されることを見出した。このことは、3’-5’エキソヌクレアーゼが、3’末端側の一本鎖DNAが突出したDNA構造の一本鎖DNA部分を消化することにより、非相同的組換えが抑制されることを示している。

 第四に、sbcD変異により組換え頻度が低下することを見出した。さらに、野生株においてDNAパリンドローム上に組換え部位を持つ組換え体の割合が、sbcD変異株では低下することが示された。SbcD蛋白質がパリンドロームを介して非相同的組換えを促進することが明らかになった。そしてSbcDがパリンドロームに切断を入れることにより非相同的組換えを誘起するという、新しいモデルを提唱した。

 近年の研究から、染色体の不安定化を示すヒトの遺伝性疾患であるウェルナー症候群の原因蛋白質WRNが、ヘリケース活性に加えて3’-5’エキソヌクレアーゼ活性を有すること、さらに癌抑制遺伝子p53にも3’-5’エキソヌクレアーゼ活性があり、p53の変異により、非相同的組換えを伴った転座を引き起こすことが報告された。しかし、3’-5’エキソヌクレアーゼの寄与については不明であった。今回の研究は、3’-5’エキソヌクレアーゼの欠損により、実際に非相同的組換えによる欠失が引き起こされることを初めて明らかにしたものであり、ヒト細胞における染色体の不安定性の原因を探る上で、その意義が大きい。さらにsbcD遺伝子はヒトのMRE11のホモログでもあり、染色体不安定化を示すナイミーヘン症候群の原因蛋白質と複合体を形成することが知られている。しかし、染色体不安定化の機構についてはほとんど分かっていなかった。本研究から、SbcD蛋白質による非相同的組換えの促進にパリンドロームが深く関与していることを発見したことは、ナイミーヘン症候群における染色体の不安定性の原因を考える上でその意義は大きいといえる。

 本研究は、ヒトの染色体不安定化のメカニズムを解明する上で大きな貢献をしたものであり、分子生物学、分子遺伝学への寄与は大きいと考えられる。従って、博士(薬学)の学位に値することを認める。

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